Stanton nació en West Irvine, Kentucky, hijo de Ersel Moberly, una peluquera, y
Sheridan Harry Stanton, un agricultor del tabaco y barbero.12 Sus padres se divorciaron cuando Harry
estaba en la secundaria; luego se volvieron a casar. Tenía dos hermanos
menores, Archie y Ralph, y un medio hermano menor, Stan. Asistió a la Universidad de Kentucky en Lexington, Kentucky, donde estudió periodismo y artes. Allí comenzó a hacer teatro
participando en la obra Pygmalion. También estudió en el histórico
teatro Pasadena Playhouse de Pasadena, California, donde fue compañero de Tyler MacDuff y Dana Andrews.
Stanton sirvió en la Armada de los Estados Unidos. Trabajó como cocinero en una nave tipo LST (Landing Ship Tank)
durante la batalla de Okinawa en la Segunda Guerra Mundial.
Su debut en el mundo del cine fue en la película Tomahawk Trail (1957) y, a partir de ahí,
entre los años 1950 y 1960, comenzó a aparecer regularmente en películas
bélicas y westerns. Su experiencia en la guerra hacía que los papeles de
Stanton en películas de renombre como La leyenda del indomable (1967), Los violentos de Kelly (1970), Dillinger (1973) o Alien, el octavo pasajero(1979) resultasen muy
verosímiles. Estas caracterizaciones llamaron la atención a Wim Wenders, que
contó con Stanton para el papel protagonista de Travis en el film Paris, Texas (1984).
Trabajó tanto en películas independientes (Two-Lane Blacktop, Cockfighter, Escape from New York, Repo Man)
como en grandes producciones como Cool Hand Luke, El padrino II, Red Dawn, Pretty in Pink, Christine y The Green Mile.
Fue actor favorito de directores como Sam Peckinpah, John Milius, David Lynch y Monte Hellman, y además era amigo cercano de Francis Ford Coppola. Tuvo un pequeño papel en La conquista del Oeste (1962), interpretando a un integrante de la banda de
Charlie Gant (Eli Wallach).
Su papel más memorable como protagonista fue en Paris, Texas de Wim Wenders. Su
papel como Travis, con el que a menudo se le asociaba, en un principio iba a
ser interpretado por Sam Shepard. Más tarde iba a ser homenajeado por la banda
británica Travisnombrándose
la banda al igual que su personaje.
En Lucky, la ópera prima como cineasta de John Carroll Lynch, Harry obtuvo su último papel protagonista, y por esta
interpretación fue galardonado de forma póstuma como Mejor Actor en el Festival de Cine de Gijón en 2017.
Stanton era uno de los favoritos del crítico Roger Ebert, quien declaró que "ninguna película con
Harry Dean Stanton o M. Emmet Walsh como actores de reparto puede ser mala
del todo". Sin embargo, Ebert más tarde admitió que Dream a Little Dream (1989), en donde
aparece Stanton, fue una "clara violación" a esta regla.3
Sus trabajos en televisión fueron extensos; incluyen ocho participaciones
entre 1958 y 1968 en Gunsmoke y
cuatro en Rawhide,
como también un cameo interpretándose a sí mismo en Two
and a Half Men, junto a Sean Penn y Elvis Costello. Desde 2006 interpretó a Roman Grant, el
manipulador líder de una secta poligámica en
la serie Big Love de HBO.
Tenía una banda llamada "The Harry Dean Stanton Band"
en la que tocaba la guitarra. Regularmente tocaba temas de jazz, pop, y tex-mex
en la zona de Los Ángeles y en el bar de Hollywood 'Jack's Sugar
Shack'. También participó en el vídeo musical Dreaming of You, de Bob Dylan.